Der gebürtige Salzburger studierte Schauspiel am Bruckner-Konservatorium in Linz. Nach seiner Ausbildung war er Ensemblemitglied am Theater Konstanz und spielte u.a. am Landestheater Salzburg. Markus Steinwender ist Gründungsmitglied der theaterachse, eines freien Theaters in Salzburg, bei dem er 1998 zum ersten Mal Regie führte. Mittlerweile hat er über 40 Inszenierungen als Regisseur erarbeitet, bei mehreren davon auch das Stück geschrieben; zuletzt bei den Uraufführungen „Heidi“ nach Johanna Spyri (2014), „20.000 Meilen unter den Meeren“ nach Jules Verne (2009), beide für das Theater des Kindes in Linz, „Odyssee“ nach Homer (2010) für MAZAB in Salzburg und „Projekt Zukunft“ am Theater Erlangen (2013). Er inszenierte bisher in Österreich und Deutschland u.a. am Theaterhaus Jena, am Theater des Kindes in Linz, am kleinen theater in Salzburg, an der Landesbühne Wilhelmshaven, am Theater Erlangen und am Vorarlberger Landestheater.
Mehrere seiner Inszenierungen waren bereits zu internationalen Festivals eingeladen. Er gewann 2014 den STELLA in der Kategorie „Herausragende Produktion für Kinder“ und 2016 den Publikumspreis für die „Beste Inszenierung Junges Theater“ bei den Bayerischen Theatertagen in Regensburg. Von 2015 bis 2020 leitete Markus Steinwender die Kinder- und Jugendtheatersparte am Theater an der Rott im bayerischen Eggenfelden.